В детской городской клинической больнице №3 функционируют отделение функциональной диагностики, физиотерапевтическое отделение, кабинеты ЛФК. В лаборатории больницы используются УЗИ-методики, лучевая диагностика, ИФА-диагностика, биохимические и бактериологические исследования широкого диапазона.